Sinopse:

Quatro meses se passaram desde a morte de Dean. Sam, deprimido pela morte de seu irmão, passa a praticar suas habilidades demoníacas com Ruby (Genevieve Cortese) para vingar-se de Lilith. Ruby atualmente habita o corpo de uma garota em coma. Dean, por sua vez, vem sendo torturado cruelmente no Inferno, mas uma proposta lhe é feita pelo demônio Alastair todos os dias: se ele virasse um torturador, deixaria de ser torturado. Após quarenta anos (quatro meses terrestres), Dean é trazido de volta ao mundo dos vivos pelo anjo Castiel. Ele está na Terra, bem como outros anjos, como o especialista Uriel, a fim de impedir que Lilith quebre os 66 selos que mantêm Lúcifer preso.

Castiel encarrega a missão de preservar os selos a Dean. Há centenas de selos, mas Lilith só precisa quebrar 66, e isso é o que torna a tarefa tão difícil de impedir.

Nesta temporada ainda é feita uma revelação a Dean: ele descobre que por sua causa que o primeiro selo foi quebrado, possibilitando a Lilith buscar pelos outros selos e que somente ele pode parar isto.Sam esta tomando sangue de demônio de Ruby, fazendo com que seus poderes psíquicos fiquem cada vez mais fortes, Dean descobre que seu irmão poderá ser a caça em um futuro não tão distante. Uma série de acontecimentos separam Sam e Dean, e ambos fazem o que acham que devem fazer: Dean aceita obedecer as ordens de Deus e seus anjos, e Sam foge com Ruby à procura de Lilith.

Castiel conta a Dean que se Lilith morrer será quebrado o ultimo selo. Dean descobre que os anjos querem que o apocalipse aconteça. Dean e Castiel se rebelam contra as ordens divinas e tentam impedir o apocalipse, indo até o convento onde Sam pretende matar Lilith. Ao chegar ao convento, Ruby impede que Dean entre. Sam usa todos os seus poderes demoníacos matando de vez Lilith e o último selo é quebrado. Com isto, Lúcifer é libertado, e Sam descobre que Ruby o enganou. Ela pretendia desde o início que Lúcifer voltasse à Terra. Dean entra e mata Ruby. Os dois observam, enquanto uma grande luz enche o convento – Lúcifer está vindo.

Essa temporada é composta por 22 episódios.